עם פרוץ מלחמת העצמאות בסוף 1947 והקמת השירות הימי לפני הכרזת העצמאות, החלו לפעול שתי יחידות קומנדו ימי, שמקורן בחוליה, אחת של צוללנים והשנייה של מפעילי סירות, שביצעו מספר פעולות נועזות, שהמפורסמת שבהן היא הטבעת האמיר פארוק, אוניית הדגל של הצי המצרי. לאחר המלחמה התגבשו שתי היחידות, יחידת סירות הנפץ בפיקודו של יוחאי בן-נון שהייתה מוצבת ביפו ויחידת הצוללנים בפיקודו של יוסף דרור שהייתה מוצבת בשדות ים. בסוף שנת 1949 הוחלט לאחד את כל היחידות וב-1 בינואר1950 הוקמה היחידה המאוחדת שנקראה שייטת 13[3]. מקור השם בתקופת הפלי"ם, שחבריו נהגו להיפגש מדי 13 בחודש בעקבות אירוע שאירע ב-13 בחודש – ספינה בה הפליג חבר הפלי"ם זאב פריד טבעה, והוא הצליח להגיע בשחייה אל החוף. חברי הפלי"ם החליטו להיפגש בתאריך זה ולהרים כוסית. הדבר אף הונצח בפזמון "שושנה שושנה", מאת חיים חפר, בשורה הבאה: "ב-13 דן (בן אמוץ) הרים עוד כוסית, לפתע הגיחו ספינות המשחית"[4].
יוחאי בן-נון מונה למפקד השייטת ויוסף דרור מונה לסגנו.
בתקופה שבין מלחמת השחרור ומלחמת ששת הימים לא ניתנו לשייטת 13 הרבה הזדמנויות להדגים את כוחה. הגבולות של מדינת ישראל היו יבשתיים בעיקרם וליחידה היו בעיקר משימות של איסוף מודיעין בנמלי אויב ובחופיו (כמו מבצע שנונית). באחת הפעולות בנמל ביירות, ב-10 באוגוסט1959, נתקלו הצוללים זאב אלמוג וזאב אריאל בשומר לבנוני. החלה מהומה בנמל ויריות באוויר וכמעט שהתפתחה תקרית אש בין ספינות חיל הים שהמתינו בעומק הים לבין ספינות משמר לבנוניות. מפקד הפעולה יוחאי בן נון ירה באוויר באחד מתותחי ספינות הטורפדו של חיל הים שליוו את הכוח כדי להרתיע ספינת משמר לבנונית[5]. לזאב אריאל הוענק עיטור העוז על תפקודו בתקרית זו[6].
במלחמת ששת הימים נכשלה שייטת 13 במשימות תקיפה אליהן יצאה בלילה הראשון למלחמה:
לוחמי שייטת 13 נשלחו לשלוש תקיפות של נמלים בסוריה, אך לא ביצעו את המשימות – הכוחות אף לא חדרו לנמלי היעד.
בפעולת אלכסנדריה חדרו לנמל אלכסנדריה שלושה זוגות צוללים שיצאו מהצוללת "אח"י תנין", אך הם נעו אל מטרות שנמצאו מחוץ למעגן הצבאי שבתוך הנמל (בו היו באותו לילה מטרות צבאיות) ועל-כן לא פגעו בשום מטרה צבאית. בסוף הפעולה הם לא מצאו את הצוללת ונפלו בשבי המצרי. הצוללת ניסתה למחרת היום לחלץ את לוחמי השייטת, עד שמפקדת חיל הים הודיעה לה כי הלוחמים נפלו בשבי והורתה לה לחזור לישראל.
בפעולת פורט סעיד, שנערכה בנמל פורט סעיד, פעלו שני זוגות צוללים שהובלו ב"חזירים" ולוּוּ בסירת-איסוף של שייטת 13 ("ציפור") שגררה אותם לקרבת הנמל והמתינה לאוספם בתום הפעולה בקרבת פתחוׄ; כל הכוח של שייטת 13 הורד מהמשחתת "אח"י יפו", שלוּותה בשלוש טרפדות שהיוו כוח משימה אחד בפיקוד אל"ם בנימין תלם. לוחמי ה"חזירים", שסרקו את הנמל קרוב לשלוש שעות, מצאו אותו ריק ממטרות צבאיות (ספינות הצי המצרי הוצאו מהנמל עוד טרם הגעתו של כוח השייטת לנמל). ביציאתם מהנמל הם נאספו על ידי ה"ציפור" קרוב לפתחו תחת אש תותחי החוף. קודם לאיסופם ב"ציפור", ומפאת החשכה המצומצמת של ליל הקיץ הקצר, הוטבעו ה"חזירים", כפי שתוכנן מראש, והלוחמים יצאו לכיוון אשדוד כפי שתוכנן מראש. בהגיע כוח שייטת 13 בנסיגתו בסירת ה"ציפור" הזעירה למרחק 40 מייל מפורט סעיד הוא נאסף על ידי המשחתתאח"י יפו", שמפקדהּ קיבל ממפקדת החיל הוראה לשוב ולאוספם.
בעקבות מלחמת ששת הימים נוספו לשליטת ישראל כ-800 ק"מ של גבול ימי, וחלק ניכר משטחי היבשה שנכבשו היה מוקף במכשולי מים. כדי לבצע פעולות קרקעיות מעבר לגבול נדרשו יכולת ומיומנות מיוחדות באמצעים ובשיטות. נוצרה אפוא תשתית נוחה לניצול כישוריה הייחודיים של שייטת 13 בד בבד עם הצורך לפתחם ולשכללם. ואמנם, במהלך 1968 ביצעה שייטת 13 מבצעי סיוע רבים לסיירת מטכ"ל שפעלה לאורך תעלת סואץ, הן בחצייתה והן באבטחת הפעילות שבה.
פעילות דומה ערכה השייטת גם בגזרות אחרות. כך גם פותחו ושוכללו טכניקות החצייה בים במפרץ סואץ. בשייטת נקבע כלל לפיו ההגעה מהים ליעדים שעל החוף או בלב-ים תתבצע אך ורק באמצעות שחייה או צלילה (ללא הָחָפַת סירות). הסיבה לכך הייתה טקטית – משום שבאמצעות טכניקה זו תתאפשר הגעה נסתרת ליעד, ויהיה קשה יותר לאתר את לוחמי היחידה. שיתוף הפעולה שבין שייטת 13 וסיירת מטכ"ל גם נוצל להעלאת הרמה בלחימת חי"ר ובביצוע נוהלי קרב בשייטת, ולראשונה התנהל והתמסד בה ארגון לקרב למבצעי חי"ר (שיתוף הפעולה בין שתי היחידות החל באביב 1960 כשלפי בקשתו של דוד פרומר, מ״מ מפקד השייטת, נשלח שמיל בן צבי, קצין המבצעים של סיירת מטכ״ל, לאמן את לוחמי השייטת בשיטות פשיטה ליליות. כמו כן, בקיץ של אותה שנה השתתפו לוחמי שתי היחידות בתרגיל חקירת שבויים הראשון). בתקופה זו גם שונו טכניקות הלחימה של השייטת, שופרה אמינות כלי התובלה שלה ואטימות אמצעי הלחימה, יוּצרו אמצעי ניוד שאפשרו להעביר באופן חשאי את כלי התובלה של השייטת לזירת הלחימה שבמערב סיני (דילוג על פני מרחק של 600 ק"מ ויותר מעתלית) ואת אמצעי הורדתם למים. עקב המרחק הגדול שהיה על הכוחות לדלג אל זירת הפעולה והזמן הקצר שעמד לרשותם להכנה לקרב, לתכנון, להצגה לאישור הפעולה (לכחמישה אלופים) ולהיערכות בשטח, נקבעה חלוקה מוגדרת בין הדרג הלוחם ודרג תומכי הלחימה, כך שמעֵבֶר לזמן הנחסך, גם עלתה הרמה המקצועית של שני הדרגים בביצוע הכנותיהם למבצעים.
הוגדרו מחדש הכישורים הנדרשים מלוחמי השייטת, ונעשו רביזיה ואיזון בחלוקת המשימות שבין יחידות הלחימה שלה. נקבע, שכל הלוחמים יהיו גם צוללים וגם פּוׄשטים. איוש הלוחמים ביחידות הלחימה נקבע על-פי קריטריונים איכותיים ורמת המאמצים הנדרשת לביצוע המשימות. התבצעה הכשרה יסודית ומקפת של הדור הצעיר של הקצינים והלוחמים שאומן וחונך לחתור ולהצטיין בקרב. נלמדו ונותחו כשלי השייטת במלחמת ששת הימים, והחינוך התמקד בחתירה לביצוע מושלם השוקד למלא עד תום את המשימה המוטלת. זאת, תוך שמירה והקפדה על ערכי הלחימה ובעיקר – דבקות במשימה, מקצוענות צבאית ומשמעת ברזל.
מפקדת השייטת העריכה כי קרוב היום וצה"ל יחתור לפצל ולפזר את מאמצי אויביו על ידי הרחבת הפעולות ההתקפיות היזומות אל מעבר לתעלת סואץ ודרומה ובעיקר לצפון המפרץ, שבמרחבו – בים ובחוף – נמצאו אובייקטים רבים וחיוניים לאויב. השייטת נערכה לפעול נגדם בעיקר באמצעות פעולות חי"ר ו"חזירים"[7].
במהלך שנת 1969 ביצעה שייטת 13 שורה של פעולות: מיקוש ביבשה, סיורים ביעדים ובמתקנים בלב-ים ובחוף, כשבחלק מהם גם בוצעה חבלה; כמעט בכל הפעילויות הללו הופעלו "חזירים", אם לצורך סיור והיכרות מקדימים ואם כחלק ממרכיבי הכוח הנוטל חלק בפעולה עצמה. פעולות אלו עלו בהדרגה בהיקפן ובעוצמת הכוח שהונחת על צבא מצרים. במחצית שנת 1969 החלה השייטת להסתייע בתא"ל רפאל איתן, שהיה קחצ"ר (קצין חי"ר וצנחנים ראשי), בתכנון מבצעי החי"ר ובאימונים לקראתם.
ב-20 ביוני1969 נערך מבצע בולמוס 5 – פשיטת יחידה של שייטת 13, בפיקודו של סגן-אלוף זאב אלמוג, על תחנת משמר של צבא מצרים בראס עדבייה שבצפון מפרץ סואץ.
במהלך מבצע אסקורט הטביעו לוחמי הקומנדו שני סט"רים (ספינות טורפדו) פי-183, הם חדרו למעגן בצפון מפרץ סואץ עם שני "חזירים" ובאמצעות מוקשי עלוקה השמידו את הסט"רים. בדרכם חזרה, כנראה כתוצאה מתקלה במנגנון השמדה עצמי, התפוצץ אחד ה"חזירים" וגרם למותם של שלושה לוחמים.
לאחר תום המלחמה ביצעה היחידה פעולות של חבלה ימית ופשיטות על קיני המחבלים בלבנון. שייטת 13 לקחה חלק באפריל 1973 במבצע אביב נעורים יחד עם סיירת מטכ"ל, הצנחנים ו"המוסד", שבו הותקפו מספר יעדי פת"ח והחזית העממית לשחרור פלסטין בביירות ובאזור צידון, בתגובה לגל התקפות טרור שביצעו ארגונים פלסטיניים. במבצע נהרגו שלושה מבכירי פת"ח, שהופתעו בדירותיהם, ועוד עשרות מחבלים.
פעילות הלחימה הרבה והמוצלחת של שייטת 13 במהלך מלחמת ההתשה, אשר הציבה את חיל הים על מפת הפעילות המבצעית של צה"ל, העלתה את האמון בשייטת 13 ובעקבותיה בחיל הים בכללו. פעילות זו טיהרה את שייטת 13 בפרט ואת חיל-הים בכלל על כשליהם במלחמת ששת הימים ושורת האסונות שאירעו בזירה הימית במחצית השנה שלאחר המלחמה, והעלתה את הלגיטימציה שלהם.
בנוסף לפעולה זו, ערכה השייטת שש פעולות התקפיות בזירת ים סוף, ובמרכזן מבצעי מגבית – הטבעת שני סטי"לים מסוג "קומאר" באזור דרום מפרץ סואץ, האחד עם מוקשי עלוקה והשני בירי רקטות לאו (רקטת נ"ט M-72).
לוחמי שייטת 13 פעלו גם בלבנון[11]. ליחידה היה תפקיד משני בחיסול עלי חסן סלאמה בביירות ב-1979. צוות של היחידה שכלל את הלוחם יואב גלנט חילצו את שני לוחמי המוסד בסוף פעולת החיסול המוצלחת והחזירום לישראל. באפריל 1980, במבצע מתח גבוה השמידו כוחות השייטת בסיס בדרום לבנון, ממנו עמדו לצאת מחבלים לפיגוע מיקוח בישראל והרגו תשעה עשר מהם. במבצע השתתף גם יואב גלנט ששב מקורס קצינים זמן קצר לפני כן, כמפקד צוות. משנפצע מפקדו לקח גלנט פיקוד על הכוח כולו והשלים את המשימה[12]. במאי 1981 קיבלה השייטת צל"ש יחידתי מהרמטכ"ל, על כך ש"לוחמי שייטת 13 בין ינואר 1979 – אפריל 1981 ביצעו 22 פעולות התקפיות יזומות כנגד המחבלים בגזרת לבנון"[13].
במרץ 1985 הטביע כוח של שייטת 13 את הספינה "Moon Light" של ארגון פת"ח בנמל ענאבה באלג'יריה[15]. המודיעין הישראלי סבר, בעקבות הטעייה מוצלחת שביצע הפת"ח, שספינה זו הייתה מיועדת לביצוע פיגוע בישראל[16].
בעקבות חטיפתה של אוניית הנוסעים האיטלקית "אקילה לאורו" באוקטובר 1985 פותחו בשייטת שיטות מיוחדות ללוחמה בטרור ימי והשתלטות גלויה וחשאית על ספינות בלב ים. יכולת זו אפשרה לשייטת לסכל הברחות דרך הים ולהשתלט על כלי שיט[17].
ב-16 באפריל 1988 הובילה שייטת 13 את לוחמי סיירת מטכ"ל שהשתתפו במבצע הצגת תכלית בתוניס. הכוח הפושט של סיירת מטכ"ל הגיע ליעד מן הים באמצעות כלי שיט אותם הפעילו לוחמי שייטת 13, בפיקוד יואב גלנט[20], והיו אחראים גם לאבטחת חוף הנחיתה.
פעילות שייטת 13 במהלך השנים הבאות לוותה במספר קטן, יחסית, של נפגעים. הפעולה הקשה ביותר, מבחינת מספר הנפגעים, ידועה בשם אסון השייטת: בלילה שבין 4 ל-5 בספטמבר1997, יצא כוח של 16 לוחמים למבצע שטיבו עדיין לא פורסם. הכוח נתקל במארבמטענים שהניח החזבאללה שגרם ל-11 הרוגים, ולכוח החילוץ היה הרוג נוסף. בפעולה נהרג מפל"ג לוחמים, סא"ל יוסי קורקין.
ערך מורחב – פרשת הקישון בסוף המאה העשרים התגלתה בקרב צוללי חיל הים, ובהם לוחמי שייטת 13, תחלואה גבוהה בסרטן. הצוללים ייחסו בעיה זו לצלילות האימונים הרבות שערכו בנחל הקישון, הסובל מזיהום תעשייתי כבד. בעקבות סערה ציבורית שנבעה מטענות אלה הורה הרמטכ"ל, שאול מופז, על מינוי ועדת חקירה, היא ועדת שמגר. הוועדה חקרה את הסיבות לריבוי מקרי הסרטן בקרב כ־120 צוללים לשעבר של חיל הים אשר התאמנו באזור שפך הקישון. לפחות 93 מתוכם חלו במחלת הסרטן, ושליש מהם בקירוב נפטרו. הוועדה קבעה שלא נמצא קשר סטטיסטי מובהק בין החשיפה של החיילים לכימיקלים רעילים במשך שירותם הצבאי לבין מגוון מחלות הסרטן בקרבם כיום. עם זאת מתחה הוועדה ביקורת קשה על צה"ל וחיל הים בגין אי אכיפת הנחיות רשויות הבריאות ואיכות הסביבה שאסרו להתאמן בנחל.לוחמי שייטת 13 על גבי מורנה בעקבות דעת המיעוט של יו"ר הוועדה, לפיה "ישנו קשר סיבתי והגיוני בין מצב הקישון לבין מחלת הסרטן אשר פגעה בחיילים", הכיר משרד הביטחון בנפגעי הצלילות כחללי צה"ל או נכי צה"ל. עם אלה שזכו להכרה כחללי צה"ל נמנים שניים ממפקדי שייטת 13 לשעבר, אהרון בן-יוסף ושאול זיו.
קבוצת צוללים הגישה תביעות נזיקין נגד חלק מהמפעלים שהזרימו שפכים תעשייתיים לקישון. ב-17 ביוני2013 דחה בית המשפט את תביעות הצוללים בנימוק שלא הוכח ה"קשר הסיבתי" בין הצלילות בנחל ובין המחלות שבהן חלו התובעים, או מי מהם[23].
במהלך האינתיפאדה השנייה, שפרצה בשנת 2000, החליטו מפקדי השייטת לשלב את היחידה בלוחמה היבשתית באזור יהודה ושומרון מתוך תפיסה שכיחידה מובחרת עלייה להוביל בגזרות הלחימה הרלוונטיות ולאו דווקא בתווך הימי בו מומחיותה[17][24]. השייטת לקחה חלק פעיל בלחימה, דבר שעלה לה באבדות. לוחמי השייטת הרגו עשרות מחבלים ועצרו מאות. כוח גדול של כוחות סדיר ומילואים מהשייטת השתתף בקרב בג'נין במהלך מבצע חומת מגן. בשנת 2004 הושעתה השייטת זמנית מפעילות לאחר שארגון "בצלם" האשים את החיילים בכך שבמהלך פעולה בג'נין ירו במבוקש ששכב פצוע ולא היווה סכנה לחיילים[25]. תחקיר שנערך על ידי אלוף פיקוד המרכז הצדיק את הירי אל עבר המבוקש בטענה שהייתה לחיילים סיבה מוצדקת לחשוד שהוא מסתיר רימון יד בידו, אך מתח ביקורת על "כשלים מקצועיים" שהיו בפעולה[26]. לאחר התחקיר הוחזרה השייטת לפעילות ולמפקדה, נבו ארז, נרשמה בעקבות האירוע הערה פיקודית בשל פער בנהלים המקצועיים[27].
לוחמי שייטת 13 בתרגיל השתלטות
בינואר 2002, פשטו לוחמי שייטת 13 על נמל עזה, פוצצו את מפקדת משטרת החופים הפלסטינית ומחסנים שלה. בנוסף, פוצצו ספינת משמר וספינת משא[28].
לוחמי השייטת תפסו שלוש ספינות שהבריחו נשק לפלסטינים – "קארין איי" (הגדולה שבהן, שללכידתה הייתה משמעות אסטרטגית), "סנטוריני" ו"אבו חסן"[29].
ב-31 במאי2010, במבצע רוחות שמיים 7, השתלטו לוחמי השייטת על 6 אוניות שניסו לשבור את ההסגר הימי שהטילה ישראל על רצועת עזה, מאז עליית חמאס לשלטון. במהלך ההשתלטות על הספינה הגדולה ביותר, "מאווי מרמרה", התפתח עימות אלים בין החיילים לפעילים שהיו על סיפונה, וכתוצאה ממנו נהרגו 9 פעילים ונפצעו 20. מבין לוחמי השייטת נפצעו 10, בהם שניים באורח קשה. כשבוע לאחר תקרית המשט, סיכלו לוחמי השייטת פיגוע שתכנן חמאס כאשר הרגו 4 מחבלים שניסו לחדור לישראל מרצועת עזה דרך הים[34].
ב-12 ביולי 2014, במהלך מבצע צוק איתן, פשט כוח שייטת 13 על מתחם בחוף אל-סודניה שבצפון רצועת עזה שממנו נורו רקטות ארוכות טווח רבות[35]. ארבעה מחיילי הכוח נפצעו קל[36]. הכוח השלים את משימתו ופגע במספר משגרים. 3 מחבלים נהרגו[37].
לוחמי שייטת 13 השתתפו גם בהגנה על גבול ישראל במהלך העימותים בגבול ישראל-רצועת עזה (2018). ב-12 באוקטובר מנעו צלפי היחידה חטיפה של חייל כאשר מחבלים פלסטיניים פרצו את גדר המערכת ובחסות ההמון הסתערו על עמדת צלפים. שניים מהמחבלים נורו למוות על ידי הצלפים מטווח קרוב ואילו המחבל השלישי הצליח להגיע ממש לתוך העמדה וניסה לדקור לוחם ולחטוף את נשקו, ואז חוסל על ידי הצלף שנאבק בו מטווח אפס אחרי נוהל מעצר חשוד[38].
במסגרת המב"ם פעלו לוחמי שייטת 13 על פי פרסומים זרים במספר פעולות בעומק שטח האויב ביחד עם יחידות העילית של צה"ל. אחת הפעולות היא תקיפת ספינת הביון האיראנית.
ב-27 באוקטובר 2023 שייטת 13, בסיוע וחיפוי כלי שיט, ביצעה פשיטה מהים על דרום רצועת עזה והשמידה תשתיות טרור של חמאס ושל הכוח הימי שלו[42][43]. בנוסף השתתפה שייטת 13 בתמרון הקרקעי בצפון הרצועה וסייעה לכוחות הקרקע בפשיטות מהים ואף בפעולות קרקעיות ועזרה בכיבוש מעגן הקומנדו המרכזי של חמאס בעזה ביחד עם כוחות שריון וחטיבה 188[44]. ב-20 בדצמבר שייטת 13 יחד עם יחידת שלדג וחטיבה 401 השלימו את ההשתלטות על "רובע הבכירים" של חמאס בכיכר פלסטין אשר בשכונת רימאל במרכז בעיר עזה. הרובע היווה מרכז המוקד השלטוני והביטחוני של חמאס. המתחם כולל רשת מנהרות מסועפת המחברת בין לשכות הבכירים, דירות מסתור, משרדים ודירות מגורים של הזרוע הצבאית וההנהגה הצבאית של חמאס ברצועה[45]. בהמשך הם פעלו גם בדרום הרצועה ולקחו חלק בקרב ח'אן יונס.
שייטת 13 השתתפה במבצע יד זהב לחילוץ שני חטופים ברפיח ב-12 בפברואר2024. לוחמי השייטת שימשו ככוח מעטפת לימ"מ, ואחרי שהימ"מ שחררו את החטופים, לוחמי השייטת איבטחו אותם והעבירו אותם למסוק שפינה אותם ארצה.
לוחמי השייטת השתתפו במבצע כתר המערב בשכונת חמד, בח'אן יונס ב-6 במרץ 2024 יחד עם לוחמי יחידת מגלן ואגוז. לוחמי השייטת עצרו מחבלים רבים שנכנעו, איתרו אמצעי לחימה רבים, כלי נשק מסוג קלאצ'ניקוב, רימונים, ווסטים, RPG, מטענים, תחמושת, ערכות נפץ ומערכות צלילה[46].
ב-18 במרץ 2024 החל מבצע ניתוח מקומי, במסגרתו כוחות של שייטת 13, יחידה 504 וצק"ח 401 הקיפו את בית החולים שיפא תוך 12 דקות, והחלו בפשיטה מקיפה על כלל מבני בית החולים במסגרתו שבו הכוחות כ-500 אנשי חמאס והג'יהאד האסלאמי וכ-200 מחבלים נהרגו. במסגרת הסריקות אותרו והוחרמו אמל"ח רב וכ-11 מיליון ש"ח של כספי טרור והושמדו תשתיות טרור רבות. המבצע הסתיים ב-1 באפריל 2024[47].
מיון:גיבוש שאורכו 5 ימים (אחרי מעבר יום סיירות), שכולל מבדקי ים ויבשה, ולבוגרי כיתות י"א גיבוש דרך גדנ"ע צלילה.
רפאל איתן שהיה קצין חי"ר וצנחנים ראשי בסוף שנות ה-60 של המאה ה-20, קבע שהשייטת חייבת להתאמן במתווה דומה ליחידות הצנחנים, בעקבות כך שונה מסלול ההכשרה בשייטת, ובתחילתו רוכזו מרבית הכשרות החי"ר ולאחר מכן הכשרות מקצועיות ימיות. כמו כן נקבע שהן הלוחמים מיחידת הצוללים והן מיחידת הפושטים יהיו בעלי מכנה לחימה משותף, המסוגלים לבצע את כלל הפעולות. תפיסה זו האריכה מאוד את מסלול הכשרת הלוחם והיא השתנתה לאחר אסון השייטת בעקבותיו נוסחה מחדש תפיסת בניין הכוח ביחידה[54]. צוותי היחידה פועלים באופן אורגני לאורך שירות הלוחמים, והם עוברים התמקצעות שונה בהתאם לייעודם.
מסלול הכשרת הלוחם בשייטת נמשך כשנה ושמונה חודשים ונחשב לאחד הקשים בצה"ל. המסלול מתחיל בחמישה חודשים של טירונותחי"ר ואימון מתקדם הנערכים בבא״חם גולני[55]. לאחר מכן טירונות יחידה ("המכין"), קורס צניחה, צלילה קרבית, ניווטים ולוחמה בטרור בים וביבשה, שיט, הפעלת סירות תקיפה וכלי-שיט תת-ימיים, ושלב ייעודי. בשלב הייעודי מחולקים הלוחמים לשלושה מקצועות עיקריים: משיט, האחראי להפעלת כלי השיט, צולל, המתמחה בצלילה מבצעית, ופושט, לוחם המגיח מהים ומבצע משימות רגליות. בסיום הקורס מוענקים לבוגרים סיכת לוחם הקומנדו הימי ודרגת סמל ראשון. באחד משלבי המסלול עוברים הלוחמים סדרת שבי המדמה נפילה בשבי האויב.
לוחמי היחידה נדרשים לשלוש שנים שירות קבע מעבר לשירות הסדיר ובנוסף לומדים שנתיים לתואר.
מדים טקטיים של לוחמי שייטת 13
היחידה מפעילה בחופשת הקיץ קורסי הכשרה לבני נוער בוגרי כיתות י"א, במסגרת גדנ"ע צלילה.
הנשק הקל של הלוחמים כולל רובה סער קלשניקוב AK-47 הידוע באמינותו ועמידותו, ושיכול לפעול גם אחרי שהיה בתוך מי ים, רובי M4A1 קרבין לפעולות יבשתיות, ואקדחגלוק. לוחמי השייטת מצוידים גם בגרסה מיוחדת של המיקרו-תבור מדגם X-95-SMG בקליבר9 מ"מ בתוספת משתיק קול ושיפורים המקנים עמידות למים ומי ים, בדומה לקלשניקוב[56]. ב-2022 נקלט בשייטת 13 הרובהזיג MCX, רובה רב-תכליתי שנועד להחליף את ה-AK-47, ה-M4A1 והמיקרו-תבור X-95-SMG[57].
מלבד רובי סער, תת-מקלעים ואקדחים השייטת מפעילה גם צלפים החמושים ברובי צלפים מדויקים לפגיעה במטרות מרחוק.
הלוחמים לבושים בסרבללוט"ר עמיד למים שמותאם היטב למשימות שלהם. עליו הם לובשים אפוד מגן שתוכנן במיוחד עבור השייטת וכל לוחם מתאים אישית לפני המשימה. הצוללים לובשים חליפות צלילה שחורות שמאפשרות תנועה נוחה הן בתוך הים והן ביבשה. קסדות הלוחמים הן קסדות מסוג FAST עם אפשרות להתקנת עזרים טקטיים שונים ומגוונים[56].
בחודש יולי 1981, במהלך תקופה ממושכת של פעילות נגד המחבלים בלבנון, קבע הרמטכ"ל רפאל איתן לתת ליחידה ציון לשבח. היה זה בשלהי פיקודו של עמי אילון שהתייחס לכך: ”אני גאה יותר על הצל"ש היחידתי שהוענק על פעילות ממושכת יחד עם קבוצת אנשים נהדרת, בהשוואה לעיטור הגבורה שניתן לי על מעשה אישי, במהלך פעולה קצרה שגבתה קורבנות רבים.”[60]
באפריל 2010 פורסם כי לשייטת יוענקו שני צל"שים מטעם הרמטכ"ל "על ביצועם המוצלח של רצף מבצעים מורכבים בשנה וחצי האחרונות"[63].
ב-2010 הוענק לשייטת 13 פרס מנחם בגין "על פעילותה למען ביטחון המדינה ואזרחיה"[64].
באוקטובר 2014 זכתה היחידה בצל"ש רמטכ"ל, חמישי במספר, על "רצף פעולות מבצעיות חשאיות בעומק שטח האויב, אשר נחלו הצלחה מרובה"[65][66].
ב-14 ביוני2018 העניק מפקד זרוע הים, האלוף אלי שרביט, תעודות הערכה לשייטת 13 עבור רצף מבצעים חשאיים מורכבים ומשמעותיים כנגד התעצמות אויבנו [67][68].
באותו מעמד הוענקה תעודת הערכה למפקד השייטת אל"ם טל, על רצף מבצעים חשאיים בשטחי אויב והצלחות מודיעיניות.[69]
אנדרטה תת-ימית לחללי אסון השייטת מול חוף שבי ציון[81].
אנדרטת חללי אסון השייטת מבט מקרוב על הכיסא המסומן לרם לוינס.
כאחת מיחידות החוד של צה"ל וכזאת הפועלת בתחום התת-מימי המסוכן מעצם טבעו לאדם, ספגה השייטת במשך השנים כ-84 אבדות. חלקם הגדול בפעילות קרבית מול האויב חלקם בתאונות מבצעיות ותאונות אימונים. רשימה שמית וקורותיהם של הנופלים מתפרסמת על ידי עמותת העטלף[82].
הנצחת הנופלים באולם הנופלים הנמצא בבסיס השייטת בעתלית. החללים מפעולות יחידה 707 שהתמזגה אל השייטת מופיעים מונצחים גם הם באותו המקום. אולם הנופלים כולל חדר ובו גדעי עצים אשר על כל אחד מהם שמורה תמונתו של לוחם שנפל. כדברי מפקד השייטת ”מורשת הקרב של השייטת – ובתוכה הנופלים – משמשת לנו לא רק כזיכרון אלא כבסיס להפקת לקחים, להטמעת נורמות לחימה והתנהגות, ובעיקר הבנה שהמחיר שאנו משלמים הוא היקר ביותר”[83].
בנוסף לחדר ההנצחה ביחידה רשומים חללי השייטת במצבה לחללי חיל הים בגן אלישבע באשדוד. כמו כן מוצבות אנדרטאות במקומות שונים בארץ. חללי שירת הצפצפה מונצחים בחוף שבי ציון, בחוף ראשון לציון ובאתר תת-מימי מול חוף שבי ציון.
אנשי שייטת 13 ועמותת העטלף מקיימים כל שנה, בחודש אוגוסט, בבסיס השייטת בעתלית, ערב התייחדות עם זכר הנופלים. במקומות שונים בארץ נערכות אזכרות בדרך של תחרות שחיה, מרוצי שדה, מרוצי אופניים ותחרויות שיט. עמותת העטלף משמרת את זכר חללי השייטת באתר העמותה[84].
לוחם השייטת רס"ל ניר קריצ'מן נפל באפריל 2002 במהלך מבצע חומת מגן. לפני גיוסו לצה"ל היה מעורב בפעולות חינוכיות. כפר אתגרי לבני נוער הנקרא על שמו הוקם בחוף שבי ציון. לוחמי שייטת 13 היו מעורבים בפעילות הכפר. חיל הים נותן חסות לפעולות הכפר. חניכי "נירים" משתתפים בקורסים של גדנ"ע צלילה עוברים קורס מנהיגות בבה"ד חיל הים[85].
העמותה הוקמה על ידי יוצאי הקומנדו הימי להנצחת זכרו של זיו לוי, אשר נהרג במהלך תרגיל מבצעי. מטרתה לתרום להצלחת בני נוער במערכת החינוך ולמנוע נשירה מבית הספר דרך התנסות ספורטיבית וחברתית בשיט מפרשים. מנהל העמותה הוא סא"ל במיל' בני וקנין. בשנת 2008 הפעילה העמותה קבוצות שיט ב-19 מקומות מחיפה עד קריית מלאכי. כ-300 בני נוער מגיעים למרכזי השיט פעמיים בשבוע וגובשו למניעת נשירה וניתוק מהמסגרות החינוכיות[86].
ניסיון פשיטה תת-מימית להדבקת מוקשים לכלי שיט של הצי הסורי. בסריקת החוף לא נמצא המעגן – הפעולה נדחתה ואחר כך בוטלה
5/6 ביוני בלילה
מינת אל-ביידה
3 סירות גומי 3 זוגות צוללים על סד"ג מגויס "גלים"
ניסיון פשיטה תת-מימית להדבקת מוקשים בבסיס הצי הסורי – התנועה ליעד התארכה הסירות הגומי במעגן הייתה פעילות סורית, מפקד הסירות שקל שלא נותרו מספיק שעות חושך לביצוע הצלילה והחליט לחזור. הפעולה נדחתה ואחר כך בוטלה.
^רב חובל זאב הים, ספינות מספרות, הוצאת אחיאסף, עמ' 177–178. אברום שביט, "בנתיבי שביט", 2007, עמ' 71 יהודה בראגינסקי, "עם חותר אל חוף", הוצאת הקיבוץ המאוחד, תשכ"ח, עמ' 296–297.
^שמשון עדן, אנשי הברזל על ספינות העץ, הוצאת אפי מלצר בע"מ, 2000, עמ' 126
ישראל
צה"ל
חיל הים הישראלי
אלוף-משנה
צל"ש הרמטכ"ל (×8)
אות הערכה מטעם הרמטכ"ל
הסמל בבסיס הפלי"ם בקיסריה, 1948.
סמלה הראשון של שייטת 13.
לוחמי שייטת 13 בסיום משחה חיפה עכו בחוף בית הספר לקציני ים 1954.
כרזת סמל העטלף ופירושו.
מסדר חשיפת סמל העטלף לראשונה, מימין לשמאל דוד פרומר, דב שפיר, הרצל לבון ומפקד השייטת יוחאי בן נון, פברואר 1960.
ספינת איסוף מהירה 'הציפור הכחולה' בקדמה עומד יוחאי בן נון, 1962.
הרמטכ"ל צבי צור סוקר את מסיימי קורס לוחם בשייטת משמאל לימין יוחנן שפיר, תנחום בן ארי ואריה יצחק, אוקטובר 1963.
'חזיר' – כלי שיט תת-מימי של הקומנדו הימי, במוזיאון ההעפלה וחיל הים
גדי שפי לקראת צלילה במפרץ עתלית, 1960.
ערך מורחב – הזירה הימית במלחמת ששת הימים
.jpg)
.jpg)
.jpg)
.jpg)
.jpg)
.jpg)
.gif)
.JPG)
.jpg)
.png)
.jpg)
חדר הנצחה ללוחמי שייטת 13 בבסיס היחידה בעתלית. תמונת לוחם שנפל על גזע עץ גדוע.
אנדרטת לחללי השייטת במבצע שירת הצפצפה בחוף שבי ציון.![אנדרטה תת-ימית לחללי אסון השייטת מול חוף שבי ציון[81].](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/59/MemorialShayetet.jpg/120px-MemorialShayetet.jpg)
אנדרטה תת-ימית לחללי אסון השייטת מול חוף שבי ציון[81].
אנדרטת חללי אסון השייטת מבט מקרוב על הכיסא המסומן לרם לוינס.
![אנדרטה תת-ימית לחללי אסון השייטת מול חוף שבי ציון[81].](/wiki/%D7%A7%D7%95%D7%91%D7%A5:MemorialShayetet.jpg)
אתר האינטרנט הרשמי של שייטת 13
חיילי שייטת 13 חוזרים לבסיס זירת ים סוף ממבצע חשאי, במהלך מלחמת יום הכיפורים, סרט בערוץ YouTube של ארכיון צה"ל ומערכת הביטחון
שי לוי, מצוידים: באילו כלים משתמשים לוחמי השייטת?, באתר מאקו, 3 בספטמבר 2015
יובל מלחי, צעירים חסרי מנוע – ימיה הראשונים של שייטת 13, חלק א', חלק ב', חלק ג', באתר "קטעים בהיסטוריה"
בתיה ואן זיידן, חדר הסודות של שייטת 13 נפתח, באתר צה"ל, 4 בינואר 2021
זיו קורן, פושטים בלב ים, מחלצים תחת אש: שייטת 13 בפרויקט צילומים מיוחד, באתר ynet, 29 באפריל 2023
עמוס הראל, החייל היורה מחברון הפך לבן הקולקטיבי, באתר הארץ, 1 באפריל 2016.
לוחמי שייטת 13 פשטו מהים והשמידו תשתיות טרור בדרום רצועת עזה | את"צ, סרטון בערוץ "הפצות צה"ל", באתר יוטיוב (אורך: 00:55), 27 באוקטובר 2023.
זרוע הים 
